Here is a list of all functions, variables, defines, enums, and typedefs with links to the files they belong to:

- m -

• M__MIN_APOL_NEIGH_DEFAULT : fparams.h
• M_ALA_IDX : aa.h
• M_APOLAR_AS : voronoi.h
• M_ARG_IDX : aa.h
• M_ASN_IDX : aa.h
• M_ASP_IDX : aa.h
• M_ATOM_TYPE : sort.h
• M_BASIC_VOL_DIVISION : fparams.h
• M_BUFSIZE : voronoi.h
• M_CLUST_MAX_DIST : fparams.h
• M_CONTINUE : memhandler.h
• M_CRIT1_D : tpocket.h
• M_CRIT1_VAL : tpocket.h
• M_CRIT2_D : tpocket.h
• M_CRIT2_VAL : tpocket.h
• M_CRIT3_VAL : tpocket.h
• M_CRIT4 : tpocket.h
• M_CRIT4_D : tpocket.h
• M_CRIT4_VAL : tpocket.h
• M_CRIT5 : tpocket.h
• M_CRIT5_D : tpocket.h
• M_CRIT5_VAL : tpocket.h
• M_CRIT6 : tpocket.h
• M_CYS_IDX : aa.h
• M_DB_RUN : fparams.h
• M_DONT_KEEP_LIG : rpdb.h
• M_DP_EXPLICIT : dpocket.h
• M_DP_OUTP_FORMAT : dpocket.h
• M_DP_OUTP_HEADER : dpocket.h
• M_DP_OUTP_VAR : dpocket.h
• M_DP_POCETLIG : dpocket.h
• M_DP_POCKET : dpocket.h
• M_DP_USAGE : dparams.h
• M_DPAR_DISTANCE_CRITERIA : dparams.h
• M_DPAR_INPUT_FILE : dparams.h
• M_DPAR_INTERFACE_METHOD1 : dparams.h
• M_DPAR_INTERFACE_METHOD2 : dparams.h
• M_DPAR_OUTPUT_FILE : dparams.h
• M_EXIT : memhandler.h
• M_FP_USAGE : fparams.h
• M_GLN_IDX : aa.h
• M_GLU_IDX : aa.h
• M_GLY_IDX : aa.h
• M_HIS_IDX : aa.h
• M_ILE_IDX : aa.h
• M_INTERFACE_METHOD1 : dparams.h
• M_INTERFACE_METHOD2 : dparams.h
• M_INTERFACE_SEARCH : neighbor.h
• M_INTERFACE_SEARCH_DIST : neighbor.h
• M_KEEP_LIG : rpdb.h
• M_LEU_IDX : aa.h
• M_LIG_IN_POCKET_DIST : pocket.h
• M_LIG_NEIG_DIST : dparams.h , tparams.h
• M_LIGMASS : tpocket.h
• M_LIGNOTFOUND : tpocket.h
• M_LIGVOL : tpocket.h
• M_LYS_IDX : aa.h
• M_MAX_ASHAPE_SIZE_DEFAULT : fparams.h
• M_MAX_ASPH_RAY : dparams.h
• M_MAX_FILE_NAME_LENGTH : dparams.h , mdparams.h , tparams.h
• M_MAX_PDB_NAME_LEN : utils.h
• M_MAXPCT1 : tpocket.h
• M_MAXPCT2 : tpocket.h
• M_MC_ITER : fparams.h
• M_MDP_ATOM_DENSITY_DIST : mdpbase.h
• M_MDP_CUBE_SIDE : mdpbase.h
• M_MDP_DEFAULT_ISO_VALUE_DENS : mdparams.h
• M_MDP_DEFAULT_ISO_VALUE_FREQ : mdparams.h
• M_MDP_GRID_RESOLUTION : mdpbase.h
• M_MDP_OUTP_FORMAT : mdpocket.h
• M_MDP_OUTP_HEADER : mdpocket.h
• M_MDP_OUTP_VAR : mdpocket.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE1_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE2_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE3_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE4_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE5_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE6_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE7_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE8_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_OUTPUT_FILE9_DEFAULT : mdparams.h
• M_MDP_USAGE : mdparams.h
• M_MDP_WP_ATOM_DIST : mdpbase.h
• M_MDPAR_INPUT_FILE : mdparams.h
• M_MDPAR_INPUT_FILE2 : mdparams.h
• M_MDPAR_OUTPUT_ALL_SNAPSHOTS : mdparams.h
• M_MDPAR_OUTPUT_FILE : mdparams.h
• M_MDPAR_SCORING_MODE : mdparams.h
• M_MET_IDX : aa.h
• M_MIN_ASHAPE_SIZE_DEFAULT : fparams.h
• M_MIN_ASPH_RAY : dparams.h
• M_MIN_G_DENS : mdpbase.h
• M_MIN_POCK_NB_ASPH : fparams.h
• M_MINDST : tpocket.h
• M_NASPH_SORT_FUNCT : psorting.h
• M_NATM3 : tpocket.h
• M_NATM6 : tpocket.h
• M_NB_AA : aa.h
• M_NB_MC_ITER : dparams.h , mdparams.h
• M_NDDATA : tpocket.h
• M_NIDATA : tpocket.h
• M_NO_INTERFACE_SEARCH : neighbor.h
• M_NO_SIGN : utils.h
• M_NOPOCKETFOUND : tpocket.h
• M_NPOCKET : tpocket.h
• M_NSPIRAL : asa.h
• M_OK : tpocket.h
• M_OREL1 : tpocket.h
• M_OREL2 : tpocket.h
• M_OREL3 : tpocket.h
• M_OREL4 : tpocket.h
• M_OREL5 : tpocket.h
• M_OREL6 : tpocket.h
• M_OUTPUT_FILE1_DEFAULT : dparams.h
• M_OUTPUT_FILE2_DEFAULT : dparams.h
• M_OUTPUT_FILE3_DEFAULT : dparams.h
• M_PADDING : asa.h
• M_PAR_BASIC_VOL_DIVISION : fparams.h
• M_PAR_CLUST_MAX_DIST : fparams.h
• M_PAR_DB_RUN : fparams.h
• M_PAR_G_STATS_OUT : tparams.h
• M_PAR_KEEP_FP_OUTPUT : tparams.h
• M_PAR_LIG_NEIG_DIST : tparams.h
• M_PAR_MAX_ASHAPE_SIZE : fparams.h
• M_PAR_MC_ITER : fparams.h
• M_PAR_MIN_APOL_NEIGH : fparams.h
• M_PAR_MIN_ASHAPE_SIZE : fparams.h
• M_PAR_MIN_POCK_NB_ASPH : fparams.h
• M_PAR_P_STATS_OUT : tparams.h
• M_PAR_PDB_FILE : fparams.h
• M_PAR_PDB_LIST : fparams.h
• M_PAR_REFINE_DIST : fparams.h
• M_PAR_REFINE_MIN_NAPOL_AS : fparams.h
• M_PAR_SL_MAX_DIST : fparams.h
• M_PAR_SL_MIN_NUM_NEIGH : fparams.h
• M_PAR_VALID_INPUT_FILE : tparams.h
• M_PDB_ATOM : rpdb.h
• M_PDB_BUF_LEN : rpdb.h
• M_PDB_CONECT : rpdb.h
• M_PDB_CRYST1 : rpdb.h
• M_PDB_END : rpdb.h
• M_PDB_EOF : rpdb.h
• M_PDB_HEADER : rpdb.h
• M_PDB_HETATM : rpdb.h
• M_PDB_LINE_LEN : rpdb.h
• M_PDB_REMARK : rpdb.h
• M_PDB_UNKNOWN : rpdb.h
• M_PDBOPENFAILED : tpocket.h
• M_PHE_IDX : aa.h
• M_POCKETVOL_C3 : tpocket.h
• M_POCKETVOL_C6 : tpocket.h
• M_POLAR_AS : voronoi.h
• M_POS1 : tpocket.h
• M_POS2 : tpocket.h
• M_POS3 : tpocket.h
• M_POS4 : tpocket.h
• M_POS5 : tpocket.h
• M_POS6 : tpocket.h
• M_PREC_TOLERANCE : voronoi.h
• M_PRO_IDX : aa.h
• M_PROBE_SIZE : asa.h
• M_PROBE_SIZE2 : asa.h
• M_REFINE_DIST : fparams.h
• M_REFINE_MIN_PROP_APOL_AS : fparams.h
• M_SCORE_SORT_FUNCT : psorting.h
• M_SER_IDX : aa.h
• M_SIGN : utils.h
• M_SLCLUST_MAX_DIST : fparams.h
• M_SLCLUST_MIN_NUM_NEIGH : fparams.h
• M_SORT_X : sort.h
• M_SORT_Y : sort.h
• M_SORT_Z : sort.h
• M_STATS_OUTG : tparams.h
• M_STATS_OUTP : tparams.h
• M_THR_IDX : aa.h
• M_TP_USAGE : tparams.h
• M_TRP_IDX : aa.h
• M_TYR_IDX : aa.h
• M_VAL_IDX : aa.h
• M_VERT_LIG_NEIG_DIST : dparams.h
• M_VERTICE_TYPE : sort.h
• M_VOLUME_SORT_FUNCT : psorting.h
• M_VORONOI_SUCCESS : voronoi.h
• main() : mdpmain.c , dpmain.c , fpmain.c , check.c , tpmain.c
• MAX_CON_DIST : pocket.h
• mdpocket_characterize() : mdpocket.h , mdpocket.c
• mdpocket_detect() : mdpocket.h , mdpocket.c
• mdprocess_pdb() : mdpocket.h , mdpocket.c
• merge_atom_vert() : sort.c
• mergePockets() : pocket.c , pocket.h
• my_calloc() : memhandler.c , memhandler.h
• my_exit() : memhandler.c , memhandler.h
• my_free() : memhandler.c , memhandler.h
• my_malloc() : memhandler.c , memhandler.h
• my_realloc() : memhandler.h , memhandler.c